Whole-genome sequencing reveals host factors underlying critical COVID-19

Critical COVID-19 is caused by immune-mediated inflammatory lung injury. Host genetic variation influences the development of illness requiring critical care(1) or hospitalization(2-4) after infection with SARS-CoV-2. The GenOMICC (Genetics of Mortality in Critical Care) study enables the comparison of genomes from individuals who are critically ill with those of population controls to find underlying disease mechanisms. Here we use whole-genome sequencing in 7,491 critically ill individuals compared with 48,400 controls to discover and replicate 23 independent variants that significantly predispose to critical COVID-19. We identify 16 new independent associations, including variants within genes that are involved in interferon signalling (IL10RB and PLSCR1), leucocyte differentiation (BCL11A) and blood-type antigen secretor status (FUT2). Using transcriptome-wide association and colocalization to infer the effect of gene expression on disease severity, we find evidence that implicates multiple genes-including reduced expression of a membrane flippase (ATP11A), and increased expression of a mucin (MUC1)-in critical disease. Mendelian randomization provides evidence in support of causal roles for myeloid cell adhesion molecules (SELE, ICAM5 and CD209) and the coagulation factor F8, all of which are potentially druggable targets. Our results are broadly consistent with a multi-component model of COVID-19 pathophysiology, in which at least two distinct mechanisms can predispose to life-threatening disease: failure to control viral replication; or an enhanced tendency towards pulmonary inflammation and intravascular coagulation. We show that comparison between cases of critical illness and population controls is highly efficient for the detection of therapeutically relevant mechanisms of disease.Peer reviewe

FinnGen provides genetic insights from a well-phenotyped isolated population

Population isolates such as those in Finland benefit genetic research because deleterious alleles are often concentrated on a small number of low-frequency variants (0.1% ≤ minor allele frequency < 5%). These variants survived the founding bottleneck rather than being distributed over a large number of ultrarare variants. Although this effect is well established in Mendelian genetics, its value in common disease genetics is less explored1,2. FinnGen aims to study the genome and national health register data of 500,000 Finnish individuals. Given the relatively high median age of participants (63 years) and the substantial fraction of hospital-based recruitment, FinnGen is enriched for disease end points. Here we analyse data from 224,737 participants from FinnGen and study 15 diseases that have previously been investigated in large genome-wide association studies (GWASs). We also include meta-analyses of biobank data from Estonia and the United Kingdom. We identified 30 new associations, primarily low-frequency variants, enriched in the Finnish population. A GWAS of 1,932 diseases also identified 2,733 genome-wide significant associations (893 phenome-wide significant (PWS), P < 2.6 × 10–11) at 2,496 (771 PWS) independent loci with 807 (247 PWS) end points. Among these, fine-mapping implicated 148 (73 PWS) coding variants associated with 83 (42 PWS) end points. Moreover, 91 (47 PWS) had an allele frequency of <5% in non-Finnish European individuals, of which 62 (32 PWS) were enriched by more than twofold in Finland. These findings demonstrate the power of bottlenecked populations to find entry points into the biology of common diseases through low-frequency, high impact variants.publishedVersionPeer reviewe

SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity are associated with genetic variants affecting gene expression in a variety of tissues

Variability in SARS-CoV-2 susceptibility and COVID-19 disease severity between individuals is partly due to genetic factors. Here, we identify 4 genomic loci with suggestive associations for SARS-CoV-2 susceptibility and 19 for COVID-19 disease severity. Four of these 23 loci likely have an ethnicity-specific component. Genome-wide association study (GWAS) signals in 11 loci colocalize with expression quantitative trait loci (eQTLs) associated with the expression of 20 genes in 62 tissues/cell types (range: 1:43 tissues/gene), including lung, brain, heart, muscle, and skin as well as the digestive system and immune system. We perform genetic fine mapping to compute 99% credible SNP sets, which identify 10 GWAS loci that have eight or fewer SNPs in the credible set, including three loci with one single likely causal SNP. Our study suggests that the diverse symptoms and disease severity of COVID-19 observed between individuals is associated with variants across the genome, affecting gene expression levels in a wide variety of tissue types

A first update on mapping the human genetic architecture of COVID-19

peer reviewe

Teollisuuden sähkösaattojen asennusopas

Insinöörityössä keskityttiin teollisuuden sähkösaattolämmityksen asennusoppaan laatimiseen. Työn tarkoituksena oli laatia koulutusmateriaali uusien asentajien koulutukseen ja perehdytykseen. Työn toimeksiantaja oli Bilfinger Industrial Services Finland Oy. Työn alussa käsitellään teoriaa saattolämmityksestä ja sähkölämmityskaapeleista sekä räjähdysvaarallisten tilojen vaatimuksia. Tämän jälkeen käydään läpi, miten sähkösaatto asennetaan. Keskeisimpiä lähdeaineistoja olivat ST-ohjeisto 11 Teollisuuden lämmityskaapelit ja SFSEN 60079-30-2 Räjähdysvaaralliset tilat. Työn lopputuloksena saatiin kattava ja selkeä asennusohje, jossa on käytetty hyväksi käytännön työssä otettuja kuvia.This thesis focuses on the industrial electrical heat tracing installation. The purpose of this study was to prepare educational material for new electricians. The client was Bilfinger Industrial Services Ltd. At the beginning, the work deals with the theory of electrical heat tracing, electrical heating cables and requirements for explosive atmospheres areas. After this, how to install electrical heat tracing is looked at. The main sources of information in this work were ST-Card index 11 Industrial heat tracing cables and SFS-EN 60079-30-2 explosive atmospheres areas. The final result of this study is a comprehensive and clear installation instructions, where images taken from practical work are use

Kouluturvallisuuden tarkastelua moniammatillisesta näkökulmasta

Kehittämishankkeen tavoitteena oli koota kirjoittajien näkemyksiä opettajaopiskelijoina moniammatillisesta näkökulmasta sellaisista asioista, jotka vaikuttavat kouluturvallisuuteen. Kehittämishankkeessa pohdittiin, mistä kouluturvallisuus muodostuu ja miten jokainen opettaja voi sitä edistää omalta osaltaan. Kirjoittajien eri näkökulmat kouluturvallisuuteen valottavat opettajien mahdollisuuksia vaikuttaa kouluturvallisuuteen, mutta käsittelevät kriittisesti myös vaikutusmahdollisuuksien realiteetteja sekä kouluturvallisuuden monisyisyyttä ja kompleksisuutta. Kehittämishanke koostuu neljästä osasta. Ensimmäisessä osassa esitetään johdanto aiheeseen. Siinä käsitellään ja määritellään kouluturvallisuuden keskeisiä osaelementtejä. Johdannossa esitellään myös hankkeen kirjoittajat sekä heidän näkökulmansa kouluturvallisuuteen. Toinen osa muodostuu artikkeleista, joissa kirjoittajat esittelevät lähdekirjallisuuden ja oman ammatillisen näkökulmansa kautta kouluturvallisuuteen liittyviä tekijöitä. Kirjoittajat pohtivat myös kouluyhteisöjen sekä yksittäisen opettajan mahdollisuuksia edistää kouluturvallisuutta omalla toiminnallaan. Kolmas osa koostuu yhteenvedosta, jossa kannanottojen pääteemat on koottu yhteen. Kirjoituksissa korostui moniammatillisuuden näkökulma. Yhteenvedossa luodaan synteesiä kirjoitusten ja näkökulmien yhteneväisyyksistä ja siitä, mitä opettajana toimiva voi oppia kouluturvallisuudesta tämän kehittämishankkeen pohjalta. Yksittäinen opettaja voi toiminnallaan vaikuttaa moniin kouluyhteisön hyvinvointia lisääviin tekijöihin, mutta kokonaiskouluturvallisuudesta huolehtiminen on monen eri ammattiryhmän vastuulla. Neljännessä osassa esitellään kehittämishankkeen pohjalta tehty juliste kouluturvallisuuden keskeisistä asioista. Juliste on suunniteltu hyödynnettäväksi esimerkiksi osana koulujen turvallisuuspäivää. Siinä korostetaan avainasioita, jotka huomioimalla jokainen opettaja voi osaltaan edistää kouluturvallisuutta

COVID-19-pandemian tunnusluvut Suomessa : ensimmäinen pandemiavuosi

Vertaisarvioitu.JOHDANTO : Tarkastelimme SARS-CoV2-ilmaantuvuutta ja COVID-19-taudinkuvaa valtakunnallisella tasolla. Tavoitteenamme oli muodostaa käsitys riskitekijöistä Suomessa. AINEISTO JA MENETELMÄT : Tutkimusotos käsitti Suomen väestön ja kaikki ilmoitetut SARS-CoV-2-tapaukset (1.4.2021 mennessä). Riskitekijöitä tutkittiin logistisilla regressiomalleilla. TULOKSET : SARS-CoV-2-tapauksia todettiin 73 599 (1,3 % väestöstä). Sairaalahoidossa oli ollut 3 739 henkilöä, tehohoidossa 834 ja 755 oli kuollut (5,1 %, 1,1 % ja 1,0 % tapauksista). Tartuntariski oli kolminkertainen maahanmuuttajilla sekä Uudenmaan maakunnassa asuvilla. Kuolemanriskiä nosti ikääntyminen (OR 1,13 per ikävuosi). Kuolemanriski oli nelinkertainen monisairailla, kaksinkertainen miehillä ja 1,5-kertainen Uudenmaan maakunnassa asuvilla. Maahanmuuttajilla nähtiin tartunnan saaneiden joukossa viite kantaväestöä pienemmästä kuolemanriskistä (OR 0,82). SARS-CoV-2 positiivisia lapsia oli ollut sairaalahoidossa 66 (0,4 % tapauksista) ja tehohoidossa alle kymmenen, eikä kuolemia todettu lapsilla lainkaan. PÄÄTELMÄT : Vakavan taudin riskitekijät noudattivat pääosin Suomessa globaalisti raportoituja. Lapsilla vakava taudinkuva oli harvinainen.Peer reviewe

Data Resource Profile : Nationwide registry data for high-throughput epidemiology and machine learning (FinRegistry)

Peer reviewe